PacBio-BioNano-Genome数据上传NCBI经历

1. PacBio原始下机bam格式数据上传

自PacBio Sequel平台开始，PacBio原始下机数据均为bam格式，该如何上传NCBI呢？

NCBI的 SRA_metadata_acc.xlsx 文件提供PacBio格式为PacBio RS平台的HDF5格式，而第一个bam格式则认为是比对结果文件，需要在assembly列提供比对基因组信息；

这该如何是好？万能的NCBI工作人员给我们支招了:point_down:

For unaligned bam files please enter ‘unaligned’ in the ‘assembly’ column.

2. BioNano数据上传

进入 Supplementary Files ,选择BioNano原始Map数据或混合组装 (hybrid assembly) 过程数据上传；

根据介绍可选择文件类型为：CMAP，COORD (混合组装过程)，XMAP，SMAP (结构变异数据) 和下机数据BNX；

3. 基因组数据上传

准备数据清单

• 基因组fa/sqn文件
• BioProject 号
• BioSample 号
• WGS 或 non-wgs genome
  
• AGP 文件，可通过 AGP validation on-line 进行文件格式确认或者 下载软件 在命令行确认 ( fatoagp 可根据fa文件生成AGP文件; fasta2apg.pl 根据fa文件生成AGP文件且输出分隔的contig.fa和scaffold.fa)
• 其他可选注释信息