为全自动高通量测序分析提供最佳实践管道的工具 bcbio-nextgen

• 授权协议: MIT
• 开发语言: Python
• 操作系统: 跨平台
• 软件首页: https://bcbio-nextgen.readthedocs.org/
• 软件文档: https://github.com/chapmanb/bcbio-nextgen/blob/master/README.rst
• 官方下载: https://github.com/chapmanb/bcbio-nextgen

软件介绍

bcbio-nextgen是一个Python工具，它为全自动高通量测序分析提供了最佳的实践管道。当用户编写一个高级配置文件指定输入和分析参数后，该用户的输入可以驱动处理分布式运算、幂等进程重启以及安全事务步骤的并行管道。bcbio的目标是提供一个能够进行数据测序分析处理组件的资源共享社区，以此能够让研究人员更专注于下游生物科学的研究。

目标

bcbio-nextgen实现全自动高通量测序数据分析的目标主要包含以下方面：

• 可量化性：优秀的科学研究需要能够准确地评估结果的质量，新的算法和软件成为可用。

• 可分析性：将结果导入工具使得查询结果与可视化结果更加容易。

• 可扩展性：在分布式异构计算环境中处理大数据集以及样本数据。

• 可复用性：跟踪配置，版本，来源以及命令行以便对结果的调试、扩展以及复用。

• 社区开发：开发过程是完全开放的并且由来自多个社区的贡献者来共同维护。通过在共享框架上的协作，我们可以克服在迅速变化的研究领域维护复杂管道的挑战。

• 易理解性：生物信息学家、生物学家和公众能够将研究材料、个人基因组的临床样本数据等各种数据作为输入来运行整个工具。

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